После церковного раскола времен патриарха Никона в столице Российского государства осталось немало храмов, в которых продолжалась служба по старым уставам и старым книгам. Настоятели храмов и целых монастырей выказывали неповиновение указам патриарха-реформатора. Даже после большого Московского собора 1666-1667 годов, предавшего Старую Веру анафеме, в столице оставались храмы, в которых прикровенно служили по чинам дораскольной Церкви. В начале 80-х годов XVII века такие богослужения стали более открытыми, а во время так называемой Хованщины к старым чинам вернулись многие московские приходы, успевшие перейти на новый обряд. В 1685 году под председательством патриарха Иоакима состоялся Собор, разработавший свод наказаний за исповедание Старой Веры. Подписанный царевной Софьей, этот закон получил наименование «Двенадцать статей царевны Софьи». По большинству этих статей полагалась смертная казнь.
По свидетельству иностранцев, только перед Пасхой 1685 г. в Москве по приказу патриарха Иоакима было сожжено в срубах около девяноста христиан, исповедавших Старую Веру. Уже при Петре I российское законодательство расширилось законами, поражающими гражданские права староверов. Так, петровский «Духовный регламент» гласил: «По всей России никого от раскольщиков не возводить на власти, не токмо духовныя, но и на гражданския, даже до последняго начала и управления, чтоб не вооружать нам на нас же лютых неприятелей, и Государству и Государю непрестанно зло мыслящих».
Ввиду таких грозных притеснений многие староверы уже никак не могли оставаться в Москве. Священники и миряне бежали в глухие места государства Российского или за его границы.
Такая ситуация сохранялась вплоть до царствования императрицы Екатерины II, когда в 60-е годы гонения на старообрядчество начинают ослабевать. Уже к концу 60-х годов в Москву возвращаются старообрядцы. Среди них было немало купцов, которые могли свободно вести торговую деятельность. Однако о строительстве собственно старообрядческого храма не могло идти и речи. Богослужения совершались тайно в домовых моленных.
