Св. Исайя был дворецким боярина Салтыкова, управлял всем его имением и людьми. Преданный помощник и мудрый советник своего господина, за благоразумие был часто похваляем самим царём Алексеем Михайловичем. Когда патр. Никон стал вводить церковные новины, исповедник укреплял своего молодого госпо­дина в верности отеческому благочестию, и боярин некоторое время держался христопреданной старины.

Однажды Алексей Михайлович после последовавшего на боярина доноса самолично убедился, что тот на людях ограждается двуперстным крестным знамением. Зная о влиянии на молодого Салтыкова его дворецкого, самодержец добился от боярина признания, что тот придерживается церковной старины не по собственному разуму, а по научению благочестивого слуги. Тотчас царь повелел направить в салтыковские палаты отряд для поимки угодника Божия. Когда воины пришли в дом, боголюбец пел «полудне часы». Поняв, что в дом пришла смерть, от попросил слуг кесаря подождать, пока не отдаст Богу Божие. Простившись после молитвы со сродниками и ближними, благочестивый христианини был доставлен к царю.

На вопрос Алексея михайловича, почему он не ходит в церковь, исповедник чистосердечно признался: «Не могу солгать Богу и благочестию, боюсь запрещений отеческих, ужасаюся и трепещу древлецерковныя клятвы. Сего ради к новинам никоновым приступити не могу, но отвращаюся всеусердно, и бегу от них всячески». Услышав такие речи, архиереи упросили государя предать страдальца гражданскому суду. Мученика подвергли длительным и жестоким пыткам, изуродовав полностью его тело и лицо. Видя стойкость и мужество воина Христова, ему приготовили огненную казнь. Перед тем, как его объяло пламя, святой мученик и исповедник Исайя поднял десницу с двуперстием и возгласил народу: «За сие благочестие стражду, за древлецерковное Православие умираю. И вас, благочестивыя, молю: крепце в древнем благочестии стояти, ничтоже боящеся».