Низложив Никона, собор избрал на его место нового патриарха, Иоасафа, архимандрита Троице-Сергиевой лавры. Затем приступили к решению вопросов, вызванных церковной реформой.
Реформа была выгодна многим. Восточным патриархам она была весьма по душе, так как проводилась в согласии с греческими новыми книгами и закрепляла их главенство в вопросах веры, утверждала их духовный авторитет, к тому времени на Руси сильно поблекший. Государственная власть тоже видела свою геополитическую выгоду в реформе. И Ватикан в реформе православной Церкви тоже имел свой интерес. С присоединением Украины к Москве в России стало сказываться юго-западное влияние. В Москву понаехало множество украинских и греческих монахов, учителей, политиков и разных дельцов. Все они были в различной степени пропитаны католицизмом, что не помешало им, а, может быть, даже и помогло, приобрести большое. влияние при царском дворе. Паисий Лигарид, продолжая дело митр. Исидора, вел в это время переговоры с католическим Западом о соединении русской Церкви с римской. Он пытался склонить к этому и восточных патриархов. Русские же архиереи во всем были послушны царю. В такое-то время и состоялся собор по делу никоновской реформы.
Собор одобрил книги новой печати, утвердил новые обряды и чины и наложил страшные проклятия и анафемы на старые книги и обряды. Двуперстие собор объявил еретическим, а троеперстие утвердил. Проклял тех, кто в символе веры исповедует Духа Святаго Истинным. Проклял и тех, кто будет совершать службу по старым книгам. В заключение собор изрек: «Если кто не послушает нас или начнет прекословить и противиться нам, то мы такового противника, если он — духовное лицо, извергаем и лишаем всякого священнодействия и благодати и предаем проклятию; если же это будет мирянин, то такового отлучаем от св. Троицы, Отца и Сына и Святаго Духа, и предаем проклятию и анафеме как еретика и непокорника и отсекаем, как гнилой уд. Если же кто до самой смерти останется непокорным, то таковой и по смерти да будет отлучен и душа его пребудет с Иудой-предателем, с еретиком Арием и с прочими проклятыми еретиками. Скорее железо, камни, дерево разрушатся, а тот да будет не разрешен во веки веков. Аминь».
Эти ужасные проклятия возмутили даже самого Никона, привыкшего проклинать православных христиан. Он заявил, что они положены на весь православный народ, и признал их безрассудными.
Чтобы заставить русский благочестивый народ принять новую веру, собор пригрозил подвергнуть ослушников соборных определений «телесным озлоблениям», что выразилось в том, что христианам отрезали уши, носы, вырезали языки, отсекали руки; их били говяжьими жилами, ссылали, заточали в тюрьмы. Деяния и определения собора внесли еще большую смуту в умы русских людей и усугубили раскол.
Современная новообрядческая церковь на поместном соборе 1971 года признала ошибку, сделанную бывшим патриархом Никоном и собором 1666-67 года, приведшую к трагическому разделению русской Церкви, и засвидетельствовала, что старые обряды для нее «равночестны и спасительны», а клятвы были положены «не по доброму разумению». И как итог: реформы «не имели ни канонических, ни исторических оснований». Но, к сожалению, признание совершенных ошибок на практике мало что изменило в отношении РПЦ к старым книгам и обрядам, к старообрядческой Церкви.
Раскол русской Церкви совершился не сразу. Определения собора были настолько ошеломляющими, в них было так много безумия, что русский народ счел их за дьявольское наваждение. Многие думали, что царь лишь временно обманут приезжими греками и латынянами, и верили, что рано или поздно раскроется этот обман и все возвратятся к старине. Что же касается архиереев, участвовавших на соборе, то о них сложилось убеждение, что они не тверды в вере и, боясь царской власти, готовы веровать так, как им прикажут. Один из них, чудовский архимандрит Иоаким (впоследствии патриарх), откровенно заявил: «Я не знаю ни старой веры, ни новой, но что велят начальницы, то я готов творить и слушать их во всем».
В течение 15 лет после собора шли пререкания между сторонниками старой веры и новой, между представителями древней народной Церкви и представителями новой, царской. Протопоп Аввакум слал царю Алексею Михайловичу одно послание за другим и призывал его к покаянию. Этот протопоп-богатырь горячо и вдохновенно убеждал царя, что в древнем православии, которое так немилостиво проклято собором, нет ничего еретического: «Мы содержим истинную и правую веру, умираем и кровь свою проливаем за Церковь Христову».
Царя просили назначить всенародное состязание с духовными властями: пусть видят и слышат все, какая вера истинная — старая или новая, но Алексей Михайлович не внял этому разумному совету. После его смерти царский престол занял его сын Феодор Алексеевич. Защитники и исповедники древних церковных преданий обратились к новому царю с горячей мольбой «вернуться к вере благочестивых и святых предков». Но и эта мольба не имела успеха. На все челобитные церковных пастырей, жаждавших мира и единства церковного, правители отвечали ссылками и казнями.
