Духовными центрами становились места, где сохранялась возможность вести духовную деятельность. Преимущественно это были монастыри и скиты.
Из Москвы и других крупных городов христиане бежали на окраины России, часто в совсем глухие, незаселенные места. Там, где они оседали, вскоре создавались монастыри и скиты, которые становились оплотом духовной жизни. Отсюда шло руководство Церковью, из монастырей рассылались священники на приходы, здесь составлялись увещания и послания к христианам, писались сочинения в защиту старообрядчества, обучались и воспитывались защитники и проповедники истинной веры.
В некоторых местах возникало по нескольку десятков скитов с сотнями иночествующих подвижников. Таких духовных центров в старообрядчестве было несколько.
Керженец — река, протекающая в Нижегородской области и впадающая в Волгу. По названию реки называлась и вся местность. В XVII веке здесь был густой, девственный лес, дававший христианам укрытие от преследователей. К концу XVII века на Керженце уже существовало до сотни обителей, мужских и женских. При Петре I началось их планомерное разорение. Наиболее жестоким гонителем старообрядцев в этой местности был нижегородский архиепископ Питирим. Керженских старообрядцев в это время ссылали на каторгу, подвергали пыткам, а иных казнили. В Нижнем Новгороде был публично казнен известный керженский диакон Александр, составивший ответы на полемические вопросы Питирима, так называемые «Диаконовы ответы». Ему отсекли голову, тело сожгли, а пепел развеяли над Волгой.
Стародубье — местность вокруг города Стародуба, объединявшая несколько уездов северной части Черниговской губернии. И в настоящее время здесь существуют города и селения, где живут потомки старообрядцев: Клинцы, Климово, Митьковка, Воронок, Лужки, Новозыбков, Злынка, Добрянка (в настоящее время относятся к Брянской и Черниговской областям). Здешние природные условия позволяли скрываться от гонений, а местные власти относились к пришлым христианам терпимо. Однако правительство нигде не оставляло старообрядцев в покое. Когда в конце XVII века преследования дошли и до здешних мест, священники вместе с паствой ушли на Ветку, в земли, принадлежавшие тогда Польше.
Ветка. В Польше старообрядцы пользовались большей свободой, их здесь не преследовали. Сюда бежали старообрядцы со всей России. Вскоре здесь выросло около двадцати новых слобод. Местность, населенная старообрядцами, стала называться одним общим именем — Ветка.
Царское правительство обратило внимание на этот духовный питомник старообрядчества, но ничего с ним не могло поделать, так как он находился за границей. Но как только Польское королевство ослабло, русское правительство поспешило разогнать Ветку. Случилось это в 1735 году, в царствование Анны Иоанновны. По приказанию царицы войска внезапно окружили все ветковские слободы. Старообрядцы были захвачены врасплох, никто не смог бежать. Был совершен повальный обыск монастырей, скитов, келий, жилых домов. Все, что найдено, было отобрано. Постройки были сожжены дотла. Из жителей Ветки было захвачено более 15 тысяч мужчин, женщин и детей. В монастырях было захвачено более тысячи иноков и инокинь. Всех мирских жителей расселили по разным городам и селениям Российского государства. Этот разгром Ветки известен под названием «выгонки». Вскоре на испепеленном месте снова появились поселенцы, опять возникли слободы и скиты. При Екатерине II последовала вторая «выгонка» Ветки.
Иргиз — приток Волги, протекающий на юго-востоке Саратовской и Самарской областей. При Екатерине II старообрядцы поселились здесь в большом количестве и основали несколько скитов и монастырей, которые именовались общим названием Иргиз. Как монастыри, так и их окрестности населяли старообрядцы, возвращенные царицей из-за границы. Во время жестоких гонений на старообрядчество много людей бежало за пределы родного отечества: в Польшу, Швецию, Румынию, Турцию, Пруссию, Китай и даже в Японию. Вступив на престол, Екатерина II издала манифест, которым призывала старообрядцев вернуться в Россию и обещала им спокойную жизнь. Старообрядцы радостно откликнулись на этот призыв и большими массами устремились на Родину. Правительство отвело им место жительства в пределах Иргиза. Иргизские монастыри вскоре приобрели выдающееся значение в церковной и общественной жизни старообрядчества. Но в царствование Николая I они были разгромлены.
Рогожское кладбище в Москве основано при Екатерине II. В 1771 году в Москве свирепствовала эпидемия чумы. Московским старообрядцам было отведено для погребения покойников место за Рогожской заставой. Здесь постепенно возникло большое духовное поселение с кельями, богадельнями и церквами.
Сначала был построен храм во имя святителя Николы. Затем начато было сооружение по официальному наименованию — часовни, по сути же — огромного летнего храма во имя Покрова Пресвятыя Богородицы. По обширности не было равного ему в Москве. Но московским старообрядцам не дали докончить его строительство по намеченному плану. О постройке храма донес императрице петербургский митрополит Гавриил. Он утверждал, что старообрядцы своей постройкой унижают господствующую церковь. Началось расследование, и в результате храм был достроен в урезанном и окургуженном виде: вместо пяти глав оставлена только одна, центральная, обломали выступы для алтарей, понизили само здание. Храм с внешней стороны стал выглядеть простым домом. Зато внутри храм поражает великолепием настенной росписи и редкостными по древности иконами. Во время нашествия Наполеона французы побывали и на Рогожском кладбище. Но рогожане заблаговременно успели покинуть жилища и спрятать главные святыни храмов. По изгнании Наполеона из Москвы столицу заняли донские казаки, в то время в большинстве своем старообрядцы. Знаменитый герой Отечественной войны атаман Платов (из донских казаков) был тоже старообрядцем. Он подарил Рогожскому кладбищу свою походную церковь.
В 1854 году у старообрядцев был отобран Никольский храм и передан единоверцам (о единоверцах см. далее), а через два года были запечатаны алтари в Покровском и Рождественском храмах. Распечатание же алтарей последовало только в 1905 году.
С начала XIX века Рогожское кладбище становится руководящим центром Древлеправославной Церкви Христовой. Тогда родилась поговорка: «Что положат на Рогоже, на том стоит Городец, а на чем Городец, на том и Керженец».
