Соловецкий монастырь был в числе тех, кто отказался принять реформу патриарха Никона. Соловецкие иноки решили продолжать службу Божию по старопечатным изданиям. В течение нескольких лет они написали царю Алексею Михайловичу пять челобитных посланий, в которых умоляли только об одном: разрешить им оставаться в прежней вере неизменно.

«Плачемся вси со слезами, — писали иноки царю Алексею Михайловичу, — помилуй нас, нищих и сирот, повели, государь, нам быти в той же нашей старой вере, в которой отец твой государев, и вси благоверные цари и великие князи скончались, и преподобные отцы Соловецкой обители Зосима, Савватий, Герман и Филипп митрополит, и вси святые отцы угодили Богу».
Иноки были твердо убеждены, что измена старой вере означала измену Церкви и Самому Богу. Поэтому они писали:
«Лучше нам временною смертью умереть, нежели вечно погибнуть. И если нас предадут огню и мукам или на части рассекут, мы и тогда не изменим апостольскому преданию во веки».
По их слову все и случилось. В ответ на просьбы и мольбы смиренных иноков царь послал в Соловецкий монастырь войска, чтобы силою заставить старцев принять новые книги. Иноки затворились в обители за толстыми каменными стенами. Царские войска осаждали Соловецкий монастырь почти восемь лет, с 1668 по 1676 год.
В числе стоявших за благочестие был священномученик Никанор (Никонор), бывший ранее архимандритом Рождественского монастыря, расположенного близ Саввино-Сторожевского монастыря в Звенигороде. Когда-то сам царь Алексей Михайлович с семейством посещал его, почитая своим духовным отцом и испрашивая совета и благословения. За праведную жизнь, мудрость и твердость духа отец Никанор пользовался глубоким уважением у братии и высоким авторитетом у представителей власти. Достигнув преклонных лет, архимандрит стал свидетелем трагических событий церковного раскола, названного впоследствии «зимой еретической».
В 1660 году святой Никанор удалился в Соловецкий монастырь, стремясь завершить свои дни в тиши уединенной молитвы. По его настоянию Соловецкий собор в 1663 году принял решение подвергать «монастырскому смирению» всякого, кто примет «новые чины». Архимандрит Никанор, совместно с монастырским казначеем Геронтием, составил «Сказание о новых книгах», в котором обличались церковные нововведения, и был одним из авторов второй и третьей соловецких челобитных и «Сказки» соловецких иноков.
В 1667 году почтенного старца вызвали на Московский собор, где принудили формально согласиться с новой церковной иерархией. Это позволило святому избежать неминуемой смерти и вернуться в обитель, чтобы возглавить продолжавшуюся восемь лет оборону Соловков. Иноки вынуждены были вести не только духовную, но и военную оборону. И только предательство одного из них прекратило восьмилетнее «Соловецкое сидение».
В ночь на 22 января 1676 года предатель-монах Феоктист указал царским стрельцам тайный ход, открыв им путь в монастырь. Стрельцы ворвались в обитель, и началась страшная расправа с насельниками монастыря. Было замучено до 400 человек: одних повесили, других порубили на плахах, третьих утопили в проруби. Были и такие, которых вморозили в лед или подвесили, зацепив за ребра крючьями. Вся обитель была залита кровью святых страдальцев. Только 14 человек Божиим промышлением уцелели. Тела убитых и разрубленных лежали с полгода неубранными в назидание непокорным. Разгромленную обитель заселили присланными из Москвы монахами.
Архимандрит Никанор, изнемогший от старости, был доставлен на санях к воеводе Ивану Мещеринову. На его угрозы бывший духовник царя отвечал с непоколебимой твердостью: «Не боюсь я тебя, ибо и самодержца душу в руке своей имею», за что был предан мучительной смерти — заживо заморожен в ледяном рву.
Сотник Самуил, один из предводителей обороны Соловецкой обители, бросил в лицо воеводе Мещеринову слова, исполненные бесстрашия: «Я готов! За отеческое благочестие, за святую обитель и преподобных отцов». Воины, повинуясь приказу воеводы, забили Самуила до смерти, а его истерзанное тело бросили в ледяную пропасть. Соборный старец Макарий перед своей кончиной заявил воеводе Мещеринову, что участвовал в обороне против воинства, стреляющего по святым православным церквам, лишь потому, что оно пришло «насилием оружия разорити отеческия законы и распудити Христово стадо». Исповеднику зажали рот, затем, после зверских пыток, связали ноги, приволокли к морю и заживо заморозили во льду.

Большая часть иноков была казнена на острове Бабья Луда. Он расположен совсем рядом и хорошо виден с башен монастыря. Остров в течение многих лет является местом паломничества старообрядцев. В 2004 году здесь побывал митрополит Андриан (Четвергов) и выразил желание отслужить литургию там, где веками звучали молитвы за Святую Русь, где сотни иноков отдали жизнь за православную веру.

Чаяние владыки сбылось уже после его кончины. В 2025 году литургию в походных условиях возглавил преосвященный епископ Казанско-Вятский и Санкт-Петербургский и Тверской Евфимий (Дубинов). К нему присоединились священники из Казани, Санкт-Петербурга, Новокузнецка и Злынки.
С 2023 года в городе Людиново Калужской области ведется строительство храма в честь мучеников соловецких, за древлее благочестие пострадавших.
К 350-летию подвига Соловецких мучеников в Календаре Московской Митрополии за 2026 г. опубликован Канон преподобномученикам, мученикам и исповедникам, иже в Соловецтей обители за древлецерковное благочестие пострадавшим.
Январский Совет Митрополии 2026 г. постановил:
«16. О праздновании 350-летия подвига Соловецких мучеников
16.1. Одобрить план праздничных мероприятий, посвященных 350-летию подвига Соловецких мучеников.
16.1.1. Провести торжественные богослужения в приходах, посвященные памяти Соловецких мучеников, 11 февраля по н.ст. (29 января по ст.ст.) 2026 г.
16.1.2. Призвать христиан посещать место захоронения Соловецких мучеников близ Соловецкого монастыря.
16.1.3. Благословить написание проповедей, статей (в том числе научных) и духовных стихов о Соловецких мучениках и публикацию их в церковных СМИ.
16.1.4. Призвать преподавателей воскресных школ к проведению исторического урока о Соловецких мучениках.
16.1.5. Призвать иконописцев к написанию икон Соловецких мучеников.
16.1.6. Призвать хоры, выступающие на Вечере духовных песнопений, исполнить песнопения, посвященные Соловецким мученикам».
Святии преподобномученицы, мученицы и исповедницы, молите Бога о нас!