После возведения летнего храма Покрова Пресвятыя Богородицы в 1793 г. благотворители Рогожского кладбища решили дополнить храмовый комплекс зимним собором. Никольский храм был отапливаемым, но не соответствовал по объему количеству молящихся. Тем более он строился как кладбищенский и имел иную важную функцию. Видимо, это послужило одним из поводов строительства третьего храма на территории Рогожского.
Доктор филологических наук Елена Михайловна Юхименко смогла найти копию документов 1835 г., согласно которым стало доподлинно известно, что разрешение на строительство зимнего храма было получено не ранее второй половины декабря 1804 г. К строительству приступили только в следующем, 1805 году. К 1810 г. (датированы две вкладные иконы) церковь была достроена и завершалась внутренняя отделка.
Просторный зимний храм Рожества Христова, построенный по проекту архитектора Ильи Даниловича Жукова (1763-1837) к югу от летнего собора, также выполнен прямоугольным восьмистопным трехнефным в модном тогда неоготическом стиле. Жуков обладал заслуженной популярностью среди зодчих XVIII-XIX вв. Он участвовал в строительстве дворцов и дорожных мостов, восстановлении пострадавших в 1812 г зданий, проектировал и возводил дома по частным заказам.
Старообрядцы после постройки поспешили наполнить храм знаковыми расписными иконами. Особо почиталась высокая икона святителя Николы с житием в иконостасе у северной алтарной двери, с надписью на нижнем поле образа «писал сию икону Никита Павловец» (1659 г.). На обороте доски надпись гласила о том, что в 1812 г. французы украли с икон все серебряные ризы, но оклад данной иконы остался на месте невредимым, поскольку святыня была под защитой святителя Николы.
На 3-м столпе справа размещалась икона «Вход Господень в Иеросалим»с авторской надписью на нижнем поле «Написася сей святый образ по обещанию моско(в)скаго первой гильдии купца Никифора Логинова сына Старикова. В 1810 году октоврия в 1 день Писал иконописец Михаило Сапожников». Памятная надпись помещалась и на дверной иконе архидиакона Стефана со следами четырех глубоких сабельных ударов: «Следы неистовства нерпиятелей, оставленные 3 сентября 1812 г.».
Русский писатель, историк, этнограф, исследователь старообрядчества Павел Иванович Мельников в своем труде «Очерки поповщины» такими словами описал внутренний вид рогожских храмов:
«Часовни были украшены великолепно. Иконы превосходного древнего письма – рублевские, строгановские и др., в богатых сребропозлащенных ризах с драгоценными камнями и жемчугом, серебряные паникадила и подсвечники с пудовыми свечами, богатые плащаницы, золоченые иконостасы, великолепная утварь – все свидетельствовало как об усердии, так и о богатстве рогожских прихожан».
В связи с отсутствием в старообрядчестве архиерея наконец XVII – начало XVIII вв. престолы храмов были не освящены, потому литургия совершалась в походных полотняных церквах, ранее освященных. Делалось это втайне от властей, которые не жаловали «раскольников». Это отношение несколько улучшилось после Отечественной войны 1812 года. Старообрядческое купечество, как истинные патриоты отечества, выступили активными жертвователями (деньгами и вещами) на нужды родины, за что были награждены бронзовой медалью Дома Московского градского общества. Среди 325 награжденных было немало старообрядцев: Н. Л. Стариков, А. Т. Карташев, Г.Ф.Дубровин, А.Л. Рахманов и другие.
В январе 1823 г. рогожане разместили новую походную церковь в Христорождественском соборе. Согласно рапорта Ф. М. Тургенева московскому военному генерал-губернатору от 19 марта 1823 г. «Записка о старообрядцах Рогожского кладбища», походная церковь была освящена в Верхнеспасопреображенском монастыре Саратовской губернии Вольского уезда, по просьбе Никиты Павлова – старообрядческого купца, одной из ключевых фигур становления Рогожского духовного центра.
Власти узнали о служении Евхаристии на Рогожском, новой походной церкви, в которой была отслужена поздняя обедня 20 и 21 января 1823 г. Началось расследование. В результате 16 апреля того же года полотняная церковь была отправлена обратно в Верхне Спасопреображенский монастырь, позже все храмы Рогожского были опечатаны. Начались новые притеснения на «ревнителей древлего благочестия». 8 ноября 1827 г. выходит высочайший указ не принимать новых священников на Рогожское и всем старообрядческим сообществам, 24 марта 1836 г. издано высочайшее повеление о прекращении юридической силы завещаний в пользу старообрядцев и старообрядческих сообществ. Эти и другие указы привели к тому, что рогожская и другие старообрядческие общины могли лишиться не только священства, но и существенного источника для поддержки храмов. Не смотря на это, в Христорождственском храме какое-то время тайно совершались богослужения, в основном только уставщиками с певчими.
В январе 1856 г. рогожане получили разрешение на служение Литургии в храмах Рогожского кладбища. Но уже 7 июля того же года алтари были вновь запечатаны. Не смотря на более снисходительную политику Александра III, которая выражалась в разрешение на размещение временных походных церквей на Рогожском, только 16 апреля 1905 г. произошло полноценное распечатывание алтарей. До наших дней дошло несколько свидетельств очевидцев тех событий, которые описывают крайне печальный вид убранства алтарей Покровского и Христорождественского храмов после почти 50-летнего запустения.
«Отворили царксие врата и северную дверь (Покровский храм), и все направились к зимнему храму, где приступили к открытию северной двери…и когда дверь с большим трудом была отворена, глазам присутствующих предстал зияющий мрак. Со свечами, едва пробираясь между обломками, рискуя упасть в отверстие провалившегося пола, комиссия сняла печати и отперла царские врата и южную дверь».
Гиляровский В. А. Распечатание алтарей Рогожского кладбища
Христорождественский собор стал не только местом служения архиепископа Московского и всея Руси (как и Покровский), в нем проводились Освященные Соборы, старообрядческие съезды, собрания рогожской общины. В декабре 1908 г. освящен северный придел во имя преподобного Сергия Радонежского, 2 мая 1909 г. освящен южный придел во имя святителя Николы Чудотворца.
Роковым для храма Рожества Христова стал июль 1929 г., когда дом Божий был закрыт Советской властью. Изначально московские власти хотели закрыть единоверческую общину на Рогожском, но после изменили решение и постановили закрыть летний Покровский собор. Старообрядцы обратилась во Всероссийский Центральный Исполнительный комитет (ВЦИК) с просьбой оставить Покровский собор. Прошение было в определенной степени удовлетворено – Покровский храм оставили рогожанам, но постановление Президиума Моссовета от 12 июля с формулировкой «учитывая неотложную необходимость устройства столовой для рабочих Пролетарского района» позволило закрыть в итоге Христорождественский собор.
Находившиеся в нем некоторые старинные иконы, рукописные и печатные книги были переданы общине в Покровский собор, а порядка 50 предметов музейного значения (более 30 облачений, несколько икон XVIII-XIX вв. – в Музейный фонд СССР.
«Летом 1929 г. было объявлено, что зимний храм подлежит закрытию. После такого известия было решено, несмотря на летнее время, отслужить в этом храме последнюю прощальную службу. И вот, на праздник Преображения Господня в Христорождественском храме было совершено всенощное бдение и Св. Божественная литургия – в последний раз. О переживаниях молящихся в этот момент можно только догадываться. После этого храм был закрыт, крест и главы снесены, замечательная настенная роспись уничтожена… Подвалы храмов открыты… К Пасхе 1930-го, а может быть 1931г. в этом здании была открыта столовая… В годы войны в подвале здания было устроено бомбоубежище, а затем, когда надобность в бомбоубежище отпала, там разместилась какая-то фабричонка. В 1970-е гг. столовая была, наконец, закрыта».
Г. А. Мариничева. Воспоминания о Рогожской общине
1 ноября 1999 г. храм был передан на документальном уровне Рогожской общине, реставрация началась с декабря 2007 г. силами правительства Москвы. 2 декабря следующего года был воодружен крест на восстановленную главу, уже 7 января 2009 г. в соборе митрополит Московский и всея Руси Корнилий (Титов) возглавил первое богослужение (молебен на праздник Рожества Христова) с 1929 г. В наши дни в отреставрированном соборе устраиваются выставки по истории и культуре старообрядчества.