Первым храмом, построенным на территории Рогожского кладбища, стала деревянная церковь, возведенная в 1771 г. Через пять лет бушевавшая эпидемия чумы сошла на нет, при этом кладбище осталось за ревнителями древнего обряда. Возможно, это послужило одной из причин того, что на средства купцов-старообрядцев ориентировочно в 1776 г. деревянная церковь была перестроена в каменный храм святителя Николы Чудотворца.
История Рогожского кладбища – духовного центра старообрядчества наполнена как и периодами расцвета и возрождения, так и гонениями и трагедиями. Старообрядцы в короткие сроки возвели два собора, колокольню и множество служебных и жилых помещений, которые неоднократно закрывались, разрушались, передавались в чужие руки и вновь возвращались историческим истинным владельцам. Но история Никольской церкви развивается в своем направлении, отличном от других зданий Рогожского кладбища.
Видя у рогожских старообрядцев сплоченность, верность своим традициям и устоям, крепость духа и работоспособность, представители синодальной Церкви и правительства столицы всячески пытались расколоть единство «потомков Аввакума». В связи с неуспешностью ранее предпринятых физических попыток разделения староверов, чиновники утверждают новый закон о купеческих гильдиях в первой половине 1850-х гг. Теперь для сохранения купеческих прав и статуса необходимо быть членом общины синодальной Церкви.
Несмотря на постоянные преследования, причисления к «врагам государства и общества», старообрядческое купечество являлось одной из главных экономических сил нашей страны. Вековые притеснения научили старообрядцев с максимальной эффективностью использовать имеющиеся в их распоряжении небольшие ресурсы, а также выстраивать свою социальную структуру в общинном строе. Но все-таки принадлежность к купеческому сословию по тем временам играла большую роль в жизни предпринимателей и торговцев.
Чтобы не потерять купеческие регалии, вначале 1854 г. горстка прихожан Рогожского кладбища (порядка 100 человек вместе с семьями) во главе с московским 2-й гильдии купцом Владимиром Андреевичем Сапелкиным решила присоединиться к единоверию и обратилась к Синоду с инициативой образования нового единоверческого прихода и передачи ему одного из старообрядческих храмов Рогожского. Предложение властями было удовлетворено. Сапелкин стал старостой, новообразованной общине был передан именно Никольский храм и 23 сентября того же года освящен как единоверческий. Помимо передачи права владения храмом, единоверцам перешли все находившиеся в нем иконы, облачения, книги и другая утварь. Из 59 рогожских построек жилого и административного типа 12 также перешли в собственность нового прихода.
С того момента на территории духовного центра старообрядчества появился единоверческий приход, которому церковные и светские власти всячески выражали всемерную поддержку и благорасположенность. В 1855 г. приходу нанес личный визит наследник цесаревич Николай Александрович, который через рьяно боровшегося со старообрядчеством митрополита Филарета передал в дар общине икону святителя Николы, освященную на мощах митрополита Алексия в Чудовом монастыре.
Богослужение проходило по старинному дониконовскому чину, при этом иерархически храм подчинялся синодальному митрополиту Московскому.
Ощущая продолжавшуюся благосклонность властей, единоверцы письменно обратились в феврале 1859 г. к обер-прокурору Синода графу А.П. Толстому с просьбой о передаче им во владение самого некрополя! Данное прошение было передано митрополиту Филарету, но документ по неизвестным причинам не получил дальнейшего продвижения.
В 1863–1866 гг. на средства Никандра Матвеевича Аласина церковь была перестроена по проекту архитектора Василия Николаевича Корнеева (1831–1895). Рядом была возведена трехъярусная высокая колокольня, своды церкви были подняты на три аршина (2,13 метра). В 1872 г. северный придел освящен во имя иконы Покрова Пресвятой Богородицы, в 1881 г. южный придел во имя иконы Божией Матери Троеручицы. На колокольню были отлиты и подняты несколько колоколов общим весом порядка 660 пудов (10 810,8 кг).
Даже после революции 1917 г. храм не закрывался. Хотя в 1929 г. Моссовет принимал решение о его ликвидации, которое так и не было исполнено. При этом объемные колокола с колокольни были сняты и переплавлены. В 1920-е гг. власти Москвы передали северный покровский придел беглопоповской общине (Русская Древлеправославная Церковь), главный Никольский храм и южный придел оставались в руках единоверцев. До 1993 г. храм покинули не только беглопоповцы, но и уже немногочисленная единоверческая община. В итоге церковь полностью перешла в ведение Московского Патриархата РПЦ.
