В начале XIX века на Рогожском кладбище начинается строительство домов призрения, где проживали инвалиды и престарелые люди. Поскольку главной функцией Рогожской общины была благотворительность, на ее земле были выстроены приюты для душевнобольных женщин, сиротский дом. В 1830-х годах общее количество призреваемых превышало 1000 человек.
Кроме богоугодных заведений строятся жилые дома, палаты для церковного причта, для певчих, особые кельи для инокинь, которых в 1845 г. на Рогожском кладбище было 164 человека. В отдельном доме размещалось церковное училище. Также на территории Рогожской слободы располагалось 5 женских монастырей в которых подвизались более сотни инокинь и послушниц. Таинство Евхаристии совершалось главным образом в домовых церквях этих монастырей, поскольку большие Рогожские часовни не имели освященных алтарей, да и публичное служение Литургии не приветствовалось властями.
При Николае I отношение к старообрядцам резко меняется. В 1827 году выходит высочайший указ, воспрещающий принимать в старообрядческие общины попов и дьяков. К этому времени на Рогожском кладбище остались только пять священников и два дьяка.
Все старообрядчество понимало острую необходимость иметь своего епископа. Замысел утвердить епископство за границей обсуждался на знаменитом Рогожском соборе 1832 года.
Основание за рубежом Белокриницкого епископства вызвало гнев Николая I. Правительство Николая I присудило к пожизненному заключению в казематах Суздальского монастыря А.К. Кочуева и попечителя Рогожского кладбища Федора Рахванова, инициаторов поисков архиерея. После учреждения в 1846 г. Белокриницкой иерархии преемник митр. Амвросия, митр. Кирил, поставил в 1853 г. во Владимир архиеп. Антония, который впоследствии стал первым архиепископом Московским и всея России и с 1862 г. имел резиденцию на Рогожском кладбище.
К этому моменту на Рогожском кладбище сложился особый тип поселения — духовно-административный старообрядческий центр, имеющий всероссийское значение. С архитектурной точки зрения храмовый ансамбль представлял собой четко спланированную ось из трех храмов, ведущую ко входу на территорию некрополя. Вдоль главной оси был расположен бульвар, разделяющий зону жилых построек от церковных зданий. С востока Рогожский поселок окаймляли проточные родниковые пруды, которые использовались для крещения и водосвятия. Окончательные очертания ансамбль приобрел к 1860-80 гг.
В 1854 году кладбищенский священник Петр Русанов перешел в единоверие, за ним последовало несколько прихожан. Этим воспользовалось правительство: Никольскую часовню насильно у кладбища отобрали, и митрополит Филарет освятил ее в единоверческую церковь. Из частных домов 12 лучших были отданы под квартиры единоверческого клира.
По настоянию митр. Филарета казенный смотритель кладбища и вовсе запретил совершать в часовнях богослужение. Это запрещение было вскоре отменено, однако, ссылаясь на донос иеромонаха-миссионера Парфения, что на Рогожском кладбище происходят «оказательства раскола», митр. Филарет добился того, что 7 июля 1856 г. правительство запечатало алтари летнего и зимнего храмов Рогожского кладбища. Никакие хлопоты старообрядцев, доказывавших лживость доноса, не помогали. Более того, и после официального удостоверения ложности доноса особой комиссией в 1880 г. алтари по распоряжению обер-прокурора Синода К. Победоносцева оставались запечатанными. Они были распечатаны лишь после императорского указа от 17 апреля 1905 г. «Об укреплении начал веротерпимости».
В честь этого события, пришедшегося на празднование Пасхи, старообрядческое духовенство и прихожане со всей России ежегодно совершают крестный ход в Неделю святых жен-мироносиц (второе воскресение после Пасхи). В память распечатания алтарей в 1912-1913 гг. была воздвигнута и одна из красивейших московских колоколен с храмом во имя Воскресения Христова.
