Священство Древлеправославной Церкви (белокриницкой иерархии) начинает распространяться на Урале и Западной Сибири с середины 1850-х гг. Первоначально в Сибири была образована единая сибирская кафедра. Первый сибирский епископ Савватий (С.В. Левшин) — епископ Тобольский и Всея Сибири — с декабря 1862 по 1882 гг. В октябре 1885 г., после избрания Савватия московским архиепископом, на сибирскую кафедру возведен епископ Мефодий (М. Екимов); титул — епископ Томский и Всея Сибири. К началу 1887 г. выделяется Томская епархия (общины Пермской губернии входили в это время под окормление архиепископа Савватия). В состав епархии входили белокриницкие общины Томской, Иркутской, Енисейской губерний, Амурской, Якутской, Забайкальской, Акмолинской, Семипалатинской и Семиреченской областей. В 1894 г. после ареста и ссылки епископа Мефодия в епископа хиротонисан священноинок Антоний (А. Паромов), титул — Тобольский и Колыванский; с 1899 г. епископ Пермско-Тобольский. В сентябре 1899 г. в сан епископа Томского и всея Сибири возведен игумен мужского Казанского скита Феодосий (Быков).
После выхода правительственных указов 1905-1906 гг. большинство общин получило официальную регистрацию. В Томской губернии это барнаульская, новониколаевская, томская и связанные с ними сельские общины, мужской и женский (Казанский и Ново-Архангельский) скиты на р. Юксе (Томский уезд Томской губернии), женский Тихвинский монастырь на р. Тое (Колыванский уезд Томской губернии). В 1910-х в Сибири существовали следующие епархии: Пермско-Тобольская, Томско-Алтайская, Иркутско-Амурская и всего Дальнего Востока. В начале 1922-1923 гг. выделяются епархии Минусинско-Урянхайская, Семипалатинско-Зайсанская; последнюю возглавлял Андриан (А. Берды шев), епископ Семипалатинский и Миасский. Делается попытка разделить Пермско-Тобольскую, Томско-Алтайскую епархии.
Томско-Алтайская епархия была образована в 1911 г., после поставления Иосифа (И. Антипина; 1911-1927гг) в епископа Иркутско-Амурского и всего Дальнего Востока. Томско-Алтайскую епархию возглавил епископ Иоасаф (И.С. Журавлев; 1911-1919 гг.); рукоположен в Москве в январе 1906 г. в епископа Томского и Всея Сибири. С конца 1919 по ноябрь 1920 г. сибирские епархии подчинялись епископу Амфилохию (А.С. Журавлеву). В ноябре 1920 г. епископ Амфилохий единолично поставил на Пермско-Екатеринбургскую и Тобольскую епархии епископа Иоанникия (И. Иванова). В декабре 1920 г. на Томско-Алтайскую епархию поставлен Тихон (Т.Г. Сухов). С мая 1929 г. Иркутско-Амурскую епархию возглавлял епископ Афанасий (А. Федотов). Кроме того, сибирские епархии возглавляли: Арсений (А.Р. Давыдов), епископ Минусинско-Урянхайский (1923 — 1937); Климент (К.Д. Логинов (Логгинов)), временно епископ Иркутско-Амурский, (1926-1927;. По отчету финансовой комиссии Томско-Алтайской епархии в 1924 г. общее число старообрядцев белокриницкой иерархии составило около 19000 чел. (на 1 янв. 1912 по данным МВД в пределах Томской губернии числилось 24565 чел.).
В состав епархии входило пять благочинии: Томск (12 приходов; общая численность 4546 чел.); с. Анисимово (10 прих.; 5573); Барнаул (7 прих.; 2702); с. Айское (9 прих.; 3120); с. Благовещенское (7 прих.; 3187). После 1905 г. В Сибири начинают созываться ежегодные епархиальные съезды, служившие органом епархиального управления (Барнаул, Новониколаевск, 1906-1928). На съездах решались вопросы приходской и епархиальной жизни: уставные, финансово-хозяйственные и организационные. В 1916-1919 гг. активно обсуждались вопросы культуры и просвещения, создания приютов для детей-сирот, проблемы объединения со старообрядцами других согласий и др. С 1917 г. — активизация общественно-политической жизни, организованы несколько политических акций.
В июле 1917 г. в Барнауле состоялся краевой съезд белокриницких, беглопоповцев, часовенных, поморцев. В работе съезда приняло участие ок. 100 чел. Обсуждались вопросы о государственном строе, отношении к войне, выборах в Учредительное собрание, земле, «займе свободы»; учрежден отдел «центрального всероссийского союза старообрядцев». Барнаульский съезд Томско-Алтайской епархии в сентябре 1918 г. принял решение о подготовке к выборам во «всероссийские» и «всесибирские» учредительные собрания, сформировал центральный исполнительный орган «старообрядцев всех согласий». Прошедший в дек. 1918 в с. Окунево Тобольской губ. съезд «старообрядцев всех согласий» признал барнаульский исполнительный комитет центральным органом «всех сибирских староверов». Съезд избрал исполнительный комитет, разработал «Положение политического объединения старообрядчества всех согласий Тобольской губернии». Основная цель объединения — выборы в Учредительное собрание и местные органы управления («земство»).
С января 1919 г. создаются новые организации — кружки старообрядческой молодежи (Томск, Новониколаевск, Барнаул, Миасс). В состав кружков могли входить старообрядцы разных согласий. Цель создания — изучение историко-культурного наследия староверия, объединение сибирской старообрядческой молодежи на «религиозно-нравственных» началах. В июне 1919 г. епархиальным съездом Томско-Алтайской епархии разработано «Временное положение о древлеправославной Церкви», предназначенное для утверждения колчаковским правительством в качестве «временного закона»: органом высшего церковного управления и представителя перед гос. властью — «освященные соборы»; управление отдельными епархиями осуществляют епископы и епархиальные съезды с представителями как духовенства, так и мирян. Провозглашалось невмешательство органов гос. власти во внутреннюю жизнь старообрядческой церкви и ее учреждений (Собора, епархиальных съездов, приходов, монастырей, братств); общины получали название приходов, которым придавался юридический статус; признавалась допустимость финансирования общин государством: запрещались награждения старообрядческого духовенства «установленными в России знаками отличия». Провозглашалось также самостоятельное избрание соборами и приходами духовных лиц и признание за ними всех гражданских прав, присвоенных духовенству других вероисповеданий; самостоятельное ведение метрических книг в белокриницких приходах, но по установленным государственными органами образцам и по согласованию с ними; разрешение брачных разводов епископами.
В 1920-30-е гг. отношения между старообрядческой Церковью и государством определялись, как известно, советским репрессивным законодательством. В 1922 г. Томско-Алтайский епископ Тихон (Сухов) обращается к сибирским приходам с призывом к «лояльности» по отношению к власти. В 1925 г. советом в епархии принят Устав религиозных общин, получивших статус религиозных обществ. Существенные ограничения делались в области имущественных прав и внутренней жизни: для созыва церковных собраний стало необходимо разрешение административных отделов, зарегистрированные общины могли быть закрыты по постановлению губернских органов власти и т.д. Но, как отмечалось в докладе епархиального совета московскому собору 1925 г., несмотря на все трудности, епископ Тихон привел в «образцовый порядок» управление епархии, способствовал открытию нескольких новых общин. Епископ Тихон мученически закончил свой земной путь в 1937 г., канонизирован в сентябре 2003 г. вместе с другим выдающимся деятелем Сибири — епископом-священномучеником Амфилохием (Журавлевым) в сентябре 2003 г. как местночтимый святой. На рубеже 1920-1930-х в результате ужесточившегося антирелигиозного правительственного курса, коллективизации, массовых репрессий, подавляющая часть приходов была закрыта или перешла на нелегальное положение.
Епархия Новосибирская и Всея Сибири воссоздана постановлением московского Собора в 1992 г. С октября 1992 г. ее возглавляет епископ Силуян (Симон Анфиногенович Килин). В этот период открыто большинство ныне действующих приходов Сибири и Дальнего Востока; в 1999 г. завершено строительство кафедрального собора в Новосибирске. Решением новосибирского епархиального совещания в сентябре 1999 г. епархия разделена на восточное (Томская, Кемеровская, Иркутская области, Красноярский край, республики Хакасия, Тыва) и западное благочиния (Новосибирская, Омская обл., Алтайский край, республика Алтай, Казахстан, Кыргыстан, Узбекистан). В Тыве с 2004 г. действует небольшой скит. С 2004 г. регулярно проводятся крестные ходы к месту Казанского и Ново-Архангельского скитов (Томская область); с 2007 г. по инициативе общин гг. Енисейска и Новокузнецка проходят регулярные крестные ходы к месту пребывания священномученика протопопа Аввакума (г. Енисейск).
