Блаженный отец наш Арсений игумен вместе с братией по рассуждению на монастырском соборе решили строить церковь. Они взяли благословение и святой антимис у святителя Алексея епископа Пермского и Вологодского и стали возводить деревянный монастырский собор. Было это в лето 7047. Строительство храма было завершено в лето 7049 во время державы благовернаго и христолюбиваго великого князя Иоанна Васильевича всея Руси и при митрополите Иоасафе Московском и всея Руси. Освящен был сей храм во имя Положения честной ризы Пресвятыя Богородицы во Влахерне. По сем был храм устроен чудными святыми иконами и святыми книгами.
После этого блаженный отец наш Арсений прожил немало лет в основанной им обители пресвятой Богородицы. В нем же много потрудился постом, и бдением, и молитвами, и никогда же уста его не были праздными, но всегда без лености пребывал и Богу молился в, немятежном безмолвии ум свой соблюдая.
Время от времени Препреподобный ходил в пустыньку свою построенную в Шилегодском лесу, на реке Шингор. Хотя он настоятельствовали в Комельском монастыри, но попечение имел и о шиголедском скиту. Расстоянии от Комельсколго монастыря до Шилегодского было более тридцати поприщ. На пути между обителями святой нередко встречал людей, с которыми имели духовные беседы, учил иметь попечение о душе необходимое для спасения. Рассказывал, как нужно хранить Божии заповеди и понимать писания святых отец. Многосуетных жителей этого края о. Арсений учил почитать праздники и не благословлял в их время заниматься земными попечениями.
В одном селении жила благочестивая жена, которая с умилениям слушала поучения преподобного и исполняла все его наставления за исключением работы в праздничные дни. Во время очередного посещения селения, преподобный узнал об этом и возбранил женщине касаться мирских дел в день праздника, но посвятить его Богу. Она же не послушала его, но опять взялась за работу, несмотря на запрет святого. Этой же ночью разыгралась страшная буря и ветер разметал все снопы и плоды, собранные этой женщиной и другими с крестьянами в день праздника. Таинственная буря не разрушила домов, но собранного урожая жители так и не смогли найти. Нерадивые христиане в ужасе уразумели, что это наказание послано им за ослушание святого и прогневление Господа.
В другой раз святой посетил село именуемое Губино. Его пригласил местынй житель по имени Илия который принял старца с большой радостью в своем доме. Ученик же преподобного сказал хозяину дома: «Пойди, господине, приготовь угощение моему наставнику со всяким старанием и тщаянием». Человек тот был боголюбив и вскоре постарался приготовить для путников все лучшее, что у него было. Святой же уразумев духовными очами, что это угощение было приготовлено по просьбе его ученика возбранил ему впредь более никогда не просить изысканных угощенияй и яств. Настваил его принимать со смирением поданную еду и не творить соблазна.