В сане митрополита преосвященнейший Алимпий продолжал свое служение на Московском первосвятительском престоле до своей кончины в 2003 г. Владыку Алимпия отличали большая молитвенность, духовная трезвость и истинно християнская любовь. На панихиде в день его похорон молилось множество християн, со всего мира в адрес Митрополии поступили соболезнования.
На день памяти владыки Алимпия преосвященнейший митрополит Корнилий совершил у могилы приснопамятного митрополита Алимпия заупокойную литию и провозгласил вечную память великому первоиерарху, в нелегкие годы возглавившего Церковь Христову.