Реформы Никона встретили сильное сопротивление со стороны ряда духовных деятелей того времени: епископа Павла Коломенского, протопопов Аввакума Петрова, Иоанна Неронова, Даниила из Костромы, Логгина из Мурома и других. Вожди религиозной оппозиции пользовались в народе огромным уважением за их истовое пастырское служение. Они смело говорили правду в глаза сильным мира сего, не заботились о своих личных выгодах, служили Церкви и Богу со всей преданностью, с искренней и ревностной любовью. В устных проповедях, в письмах они обличали виновников церковных несчастий, не боясь в числе первых называть имена патриарха и царя, проповедовали истину в постоянной готовности пойти на страдание и мучение за Церковь, за правду Божию. Верные и стойкие поборники непорочности Святой Руси вскоре подверглись жестоким мучениям и казням.
Первыми страдальцами за древлеправославную веру стали епископ Павел Коломенский, протопопы Иоанн Неронов, Логгин, Даниил, Аввакум. Они были высланы из Москвы в первый же год реформаторской деятельности Никона (1653-1654 годы).
На соборе 1654 года, созванном по вопросу о книжном исправлении, епископ Павел Коломенский мужественно заявил Никону: «Мы новой веры не примем», за что без соборного суда был лишен кафедры. Прямо на соборе патриарх Никон собственноручно избил епископа Павла, сорвал с него мантию и велел немедленно отправить его в ссылку. В далеком северном монастыре епископ Павел был тайно убит, по некоторым данным — сожжен.
Народ говорил, что на первосвятительском престоле воссел палач и мучитель. Все трепетали перед ним, и никто из епископов уже не посмел открыто выступить с мужественным словом обличения. Робко и молчаливо они соглашались с его требованиями и распоряжениями. Те же, кто не мог поступиться своею совестью, но не был в силах сопротивляться, постарались отойти от дел. Так, епископ вятский Александр, сохраняя личную верность старой вере, предпочел оставить свою кафедру, удалившись в один из монастырей. Были и такие, которые келейно (а иногда и соборно) молились по старому обряду, но внешне пребывали в послушании новообрядческому начальству. Среди них — Макарий, митрополит Великого Новгорода, Маркел, епископ Вологодский и Пермский, Иоасаф, епископ Тверской, Питирим, епископ Тамбовский, Исайя, митрополит Нижегородский, Лев, епископ Воронежский, и другие…
К сожалению, среди высшего русского духовенства середины XVII века было не много мужественных людей, способных противостоять жестокому начальству. Поэтому главным противником Никона был народ церковный: простые священники, диаконы, иноки и миряне, духовно сильные и преданные сыны православия.
Тех, кто последовал за Никоном, в народе стали называть никонианами, или новообрядцами. Последователи Никона, пользуясь государственной властью и силой, провозгласили свою церковь православной. За противниками церковной реформы закрепилась кличка «раскольники». На самом же деле противники никоновских нововведений просто остались верны древним православным преданиям и обрядам, ни в чем не изменив святой Церкви. Таковых было немало, а в первые годы после собора 1666-67 годов — подавляющее большинство.
