Николаевская эпоха борьбы с древлеправославием началась с правительственного постановления 1826 года. Согласно этому постановлению со всех староверческих молитвенных зданий были сняты кресты, а также были запрещены строительство новых и ремонт старых зданий. 10 мая 1827 года последовало новое распоряжение: решительно воспретить переезд старообрядческих священников из одного уезда в другой. Тех же, кто не подчинялся этому распоряжению, местным властям предписывалось ловить и «поступать с ними как с бродягами». Было также воспрещено принимать новых священников на Рогожское кладбище. В том же году переход в старообрядчество стал рассматриваться как тяжкое уголовное преступление. А в 1832 году начались полицейские «зачистки» духовных центров староверия и массовые аресты священнослужителей, перешедших из новообрядчества. В 1836 году по просьбе Синода для поимки старообрядческих священнослужителей стали применяться вооруженные силы. Воинские команды окружали деревни и небольшие города, на всех въездах и выездах выставлялся караул, а карательные группы проводили обыск зданий, где могли скрываться священники, храниться богослужебные книги и церковная утварь. Все заставы, почтовые станции, порты и речные переправы были наводнены агентами полиции. В их задачу входило тщательное слежение за перемещением пассажиров, обнаружение и арест всех «подозрительных» лиц.
Соглядатаи были направлены в старообрядческие храмы и моленные. Они следили за тем, чтобы в церквах не появлялись духовные лица. Всем процессом руководили специальные секретные «противораскольничьи комитеты», созданные в каждой губернии и состоявшие из представителей синодального духовенства, губернских чиновников и полицейских. Руководили этими чрезвычайными органами губернаторы и епархиальные архиереи.
В конце 50-х — начале 60-х годов XIX в. несколько старообрядческих архиереев стали узниками монастырской тюрьмы в Суздале, где один из них, епископ Тульчинский Алимпий, почил, так и не увидев свободы, а остальные провели без суда в заточении до четверти века. В частности, епископ Новозыбковский Конон провел в заточении 23 года и после освобождения не мог самостоятельно передвигаться.
Страшный удар по старообрядческому иночеству был нанесен в 1837 году. В январе этого года правительство постановило закрыть все староверческие монастыри, расположенные в окрестностях реки Иргиз. Войсками были полностью опустошены Средне-Никольский, Верхне-Спасопреображенский, Средне-Успенский, Покровский монастыри и близлежащие скиты. Еще раньше был насильственно обращен в единоверие Нижне-Воскресенский монастырь. Из святых обителей было изгнано более 3000 иноков и инокинь. Многие из них были приговорены к каторжным работам и ссылке.
В 1882 году архиепископ Антоний отошел к вечной жизни, и 10 октября на архиепископский престол был возведен епископ Саватий (Лёвшин), который был московским архиепископом почти 16 лет.
В конце XIX века развитие церковной жизни старообрядчества связано с подвижнической деятельностью еще одного святителя — епископа Арсения Уральского (Швецова). Его перу принадлежат несколько фундаментальных богословских трудов преимущественно апологетического содержания. Еще в 1880-е годы, задолго до объявления свободы вероисповедания, он выступал с лекциями о старообрядчестве. В 1890 году им была организована подпольная гектографическая типография. Несмотря на преследования и аресты, он активно занимался издательской и просветительской деятельностью. 21 октября 1897 года он был рукоположен во епископа Уральско-Оренбургской епархии, а в 1898 году избран местоблюстителем Московского Архиепископа. Святитель Арсений прилагал значительные усилия к укреплению соборных начал в древлеправославной Церкви. По его благословению стали созываться всероссийские съезды старообрядцев, а Освященные Соборы Церкви, согласно 37-му апостольскому правилу, стали ежегодными. При его активном содействии за границей печатались ста¬рообрядческие издания, а с 1905 года в Уральске начала действовать первая в России легальная старообрядческая типография А. В. Симакова. В жизни древлеправославной Церкви большое значение имела деятельность мирян. Как на Рогожском соборе 1832 года именно миряне настояли на восстановлении трехчинной иерархии и организации архиерейской кафедры, так и на рубеже веков они стали готовить ходатайства о даровании старообрядчеству свободы вероисповедания. Во главе движения выступили известные своей активной церковной позицией Д. В. Сироткин и М. И. Бриллиантов.
Дмитрий Васильевич Сироткин был крупным нижегородским предпринимателем, известным благотворителем и меценатом, но особенно стал известен благодаря своей церковной деятельности. В 1900 году, когда правительство постановило требовать от старообрядческих епископов подписку впредь не именоваться духовными лицами, Сироткину удалось исходатайствовать у императора отмену этого постановления. Уже после 1905 года Сироткин на свои средства построил несколько храмов, принимал участие в финансировании журнала «Церковь». Михаил Иванович Бриллиантов был также предпринимателем, но большую часть своего времени он отдавал церковным вопросам. Известный знаток церковной истории и канонического права, он был одним из основателей Союза старообрядческих начетчиков.
По благословению епископа Арсения Уральского 14 сентября 1900 года Д. В. Сироткин и М. И. Бриллиантов созвали в Нижнем Новгороде первый Всероссийский съезд старообрядцев Белокриницкой иерархии. На нем обсуждались вопросы: как пробить стену лжи и клеветы, созданную вокруг старообрядчества, и как без искажений информировать государственные власти о нуждах Церкви? Решено было подготовить прошение на имя Государя и собрать под ним подписи. Надо отметить, что в те годы это дело было довольно опасным, так как подготовка коллективных просьб была под запретом. Суровая кара могла постигнуть лиц, собиравших подписи, да еще «в пользу раскола»! Тем не менее Сироткин и Бриллиантов решили пожертвовать своим благополучием ради святой Церкви. В самое короткое время было собрано около 50 тысяч подписей. В декабре того же года это прошение было вручено великому князю Михаилу Александровичу, родному брату царя.
Каждый год в Нижнем Новгороде стали созываться старообрядческие съезды. Уполномоченные от съездов готовили дополнительные ходатайства, прошения, письма. В печати стали появляться правдивые материалы о жизни древлеправославной Церкви. В обществе наконец открыто заговорили о правах старообрядцев как коренных русских граждан, созидателей нашей страны, самого крепкого, здорового и законопослушного населения России.
Итогом этих процессов стало рассмотрение старообрядческого вопроса в правительстве и последующее за ним дарование свободы вероисповедания, выраженное именным указом Николая II от 17 апреля 1905 года. Были наконец распечатаны алтари Рогожских храмов, стоявшие запечатанными без малого 50 лет.
В этот период продолжали действовать объединения старообрядческих начетчиков — христиан, поставивших своей целью защиту Старой Веры. Самым крупным из них было Братство Честнаго и Животворящаго Креста Господня. Особой известностью пользовались начетчики Ф. Е. Мельников, И. Г. Усов (впоследствии епископ Иннокентий Нижегородский), М. И. Бриллиантов, Н. Д. Зенин, Д. С. Варакин и другие.
Известным начетчиком был и Иустин Авксентьевич Картушин, впоследствии архиепископ Московский и всея России Иоанн. Он происходил из казаков станицы Островской, области Войска донского. В 1898 году он был возведен в сан архиепископа, а в 1901 году правительство выслало его под гласный надзор полиции в Тулу за отказ дать подписку не именовать себя архиепископом. Лишь 22 октября 1905 года ему было разрешено архиерейское служение в московском Покровском соборном храме. Освященный Собор, состоявшийся в апреле 1906 года, принял решение об учреждении в Москве старообрядческой Митрополии, а на сентябрьском Освященном Соборе того же года было постановлено «возвести господина Иоанна, московского архиепископа, в сан митрополита Российской старообрядческой области».
Но решение это не удалось осуществить из-за противодействия правительства.
Владыка Иоанн освятил более 100 новых храмов, рукоположил 15 епископов, 92 священника и 8 диаконов. При нем были учреждены Ярославская, Томская, Петроградская, Киевская, Рязанская и Иркутская епархии.
Объявление свободы вероисповедания стало началом короткого, но очень яркого периода в истории Церкви, часто называемого золотым веком старообрядчества. В эти годы было построено около 1000 храмов. На Рогожском кладбище был воздвигнут храм-колокольня во имя Воскресения Христова, поражающий своим величием и красотой. Это сооружение стало памятником установления свободы вероисповедания в России. Открывались монастыри, приюты, больницы. Начался расцвет издательской и просветительской деятельности. Стали выходить десятки старообрядческих журналов и газет. Несколько типографий выпускали богослужебную литературу.
На Рогожском кладбище в Москве уже в 1906 году была открыта четырехклассная школа, затем стали открываться старообрядческие школы по всей стране. Первые учительские курсы были открыты нижегородским епископом Иннокентием. Затем последовало открытие педагогических курсов в Москве на Рогожском кладбище, а также в других городах.
На Десятом всероссийском съезде старообрядцев было решено открыть богословско-учительский институт, который готовил бы законоучителей, священнослужителей и церковно-общественных деятелей. Первые четыре класса соответствовали программе казенных учительских институтов. В них было добавлено преподавание истории старообрядчества и Закона Божия по старообрядческим учебникам. Два последних класса были исключительно богословско-философско-педагогическими. За организацию института взялся Совет общины Рогожского кладбища. В 1915 году архиепископ Иоанн скончался, и 30 августа того же года на первосвятительский престол взошел архиепископ Мелетий (Картушин), двоюродный брат архиепископа Иоанна. Его предстоятельство пришлось на трагические годы революции и гражданской войны.
